Вы можете поместить набор иконок в папку темы assets/img/flags и вызывать их оттуда, вот так:
{{ form_open() }}
<select name="locale" data-request="onSwitchLocale" class="form-control">
{% for code, name in locales %}
{% set icon = 'assets/img/flags'~code~'.png' %}
<option value="{{ code }}" {{ code == activeLocale ? 'selected' }}>
<img src="{{ icon|theme }}">
{{ name }}
</option>
{% endfor %}
</select>
{{ form_close() }}
иконки предварительно назвав по коду, например ru.png, en.png и т.д. ну и для стилизации селекта используйте Select2
